Abélard est surtout connu auprès du grand public pour sa liaison tragique avec Héloïse. De famille noble, Héloïse avait pour oncle Fulbert, chanoine de Notre-Dame. Après avoir été éduquée au monastère d'Argenteuil, elle obtint de poursuivre des études avec un précepteur. Abélard, choisi pour ce rôle, vint s'installer en pension chez Fulbert. S'ensuit une liaison amoureuse entre le maître et sa jeune élève. Dans l'Historia calamitatum, Abélard noirçit volontairement les circonstances de cette liaison. Dans ses lettres écrites du Paraclet, Héloïse rappelle qu'à l'époque, Abélard l'inondait de lettres pressantes. Certains historiens pensent avoir identifié ces documents dans un recueil de lettres d'amour anonymes, les Epistolae duorum amantium 10.
Le scandale éclate en deux temps. Après que Fulbert découvre la liaison, Héloïse révèle à Abélard sa grossesse. Il la met alors à l'abri dans sa famille, au Pallet, où elle met au monde un fils qu'elle nomme Astrolabe. Pendant ce temps, à Paris, Fulbert veut obtenir réparation. Malgré les protestations d'Héloïse, qui s'oppose au mariage dans une lettre (dont des extraits ont été insérés par Abélard dans l'Historia calamitatum11), Abélard cède à Fulbert, et ramène Héloïse à Paris, l'enfant demeurant chez sa sœur Denise.
Afin de préserver la carrière d'enseignant d'Abélard, le mariage a lieu à l'aube, en présence de peu de témoins, et ne doit pas être rendu public. Mais le chanoine Fulbert révèle le mariage au grand jour. Abélard ayant placé Héloïse au couvent d'Argenteuil, pour la protéger de son oncle, le chanoine crie à la répudiation, et envoie des hommes de main punir Abélard. Celui-ci est émasculé : le scandale est énorme, car c'est une punition réservée aux adultères. De plus, rendant Abélard imparfait de corps, cette mutilation met un coup d'arrêt brutal à sa carrière ecclésiastique, et par la même à son enseignement. S'agissant d'une vengeance privée, commise au sein même du chapitre de Notre-Dame et sur le plus