Néanmoins, il est couvert d'honneurs à son retour, est nommé « amiral des Indes » et à ce titre contrôle une partie du commerce avec l'Inde. Désormais, Vasco de Gama va utiliser sa légende (comme celle d'être le premier voyageur à atteindre l'Inde, terre nouvelle, alors que le pays est depuis longtemps traversé par des pilotes arabes, marchands vénitiens, juifs, malais ou musulmans, chrétiens syriaques s'y approvisionnant en poivre) pour construire sa carrière11. La cour de Manuel Ier, qui s'est autoproclamé « seigneur de la conquête, de la navigation et du commerce d'Éthiopie, d'Arabie, de la Perse et de l'Inde »12, s'entiche de Gaspar, un juif converti par Vasco de Gama sur le chemin de retour, qui raconte aux courtisans ce qu'ils ont envie d'entendre, à savoir qu'il y a en Inde plein de chrétiens (ils pensent encore que le royaume du prêtre Jean se situe en Inde et que les hindous sont des chrétiens)13.
Suite à son deuxième voyage (1502-1503) avec une flotte de 21 navires et des marchandises intéressant enfin les Indiens (de l'or et de l'argent rapporté des Grandes découvertes des Amériques), Vasco de Gama tombe en disgrâce11. Bien que cette deuxième expédition, parfois violente (bombardement du port de Calicut en représailles des massacres contre l'équipage de Pedro Álvares Cabral ; assaut le 29 septembre 1502 contre le navire marchand Miri qui ramène des pèlerins de La Mecque, révèle la cruauté de Vasco de Gama[évasif] : il préfère brûler le navire et faire couler hommes, femmes et enfants plutôt que d'accepter la rançon que les riches marchands musulmans lui proposent12), marque les débuts de l'empire colonial portugais et rapporte à la couronne un butin substantiel ainsi que des privilèges commerciaux importants grâce aux comptoirs qu'il a fondé sur les côtes africaines, il n'a en effet pas réussi à soumettre le Zamorin de Calicut et l'espoir de trouver le royaume du prêtre Jean est déçu : le roi Manuel sanctionne ainsi le clan des nobles qui privilégie le