Michel Jean Emmanuel de La Barge de Certeau est originaire de Savoie. Il est né le 17 mai 1925 à la villa Les Fouzes, rue Marceau à Chambéry. Il est le fils d'Hubert de La Barge de Certeau (1900-1986) et de Marie-Antoinette de Tardy de Montravel (1903-1986). Son père est agent d'assurances à Chambéry et détient une résidence secondaire en Savoie, à Saint-Jean-de-la-Porte: le château de Lourdens. Cette ancienne dépendance des Chartreux d'Aillon au xiiie siècle est le berceau de cette branche familiale, à proximité de Saint-Pierre-d'Albigny. La vaste maison savoyarde, restaurée en 1659 par les religieux, abrite pendant les vacances une famille de quatre enfants:

Michel, né le 17 mai 1925.
Jean, né le 10 juin 1926.
Marie-Amélie, née le 25 novembre 1930.
Hubert, né le 18 mai 1933.
L'un de ses biographes, François Dosse, relate : « C'est dans cet univers montagneux du Massif des Bauges, aux synclinaux perchés surplombant la cluse de Chambéry, que Michel passe une enfance marquée par une éducation très stricte ». Dans un entretien avec cet auteur, Alex Derczansky qui a bien connu Michel de Certeau révèle: « Certeau est profondément savoyard. On ne peut le comprendre si on ne comprend pas la Savoie »!

Michel et son frère vont être admis au collège Notre-Dame de La Villette de 1936 à 1940, jusqu'en classe de rhétorique. Ce collège, tenu par des prêtres du diocèse de Chambéry, se situe dans une ancienne propriété léguée par la famille Costa de Beauregard à La Ravoire, devenue aujourd'hui la banlieue de Chambéry. L'établissement est également destiné au petit séminaire du diocèse de Chambéry . Sous l'autorité bienveillante du Chanoine Colomb, les deux frères obtiennent une bonne formation scolaire, et vers l'âge de 14 ans, Michel se destine à entrer en religion.

En 1942 et 1943, il est pensionnaire dans un collège de maristes, l'Institution Sainte-Marie de La Seyne-sur-Mer, dans le département du Var. Là, il milite à la JEC, (Jeunesse étudiante chrétienne). Il y