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Galilée est un éminent savant des xvie et xviie siècle, dont l'Église catholique a condamné les positions scientifiques et les conséquences théologiques qu'il en tirait. Ayant refusé de revenir sur ses positions scientifiques qui étaient justes, il a été condamné par le tribunal de l'Inquisition à une peine de prison qui a été aussitôt commuée en assignation à résidence dans les palais qu'il fréquentait.
Articles détaillés : Galileo Galilei et Révolution copernicienne.
Jean-Paul II fit état du souhait d'étudier cette question dès le début de son pontificat en 1979. Il nomma une commission d'étude de la controverse ptoléméo-copernicienne en 1981, composée d'historiens, de savants, et de théologiens, afin de mener les travaux dans un esprit de sincérité et de recherche de la vérité.
La commission remit ses conclusions lors d'une séance de l'académie pontificale des sciences le 31 octobre 1992.
L'Église a reconnu pour la première fois des erreurs dans l'affaire. La réhabilitation de Galilée, dont la condamnation avait été essentiellement liée à des motifs politiques[Informations douteuses], ne fut toutefois pas officiellement prononcée, le tribunal qui l'avait condamné (l'Inquisition), ayant disparu depuis.
Le cardinal Poupard, président de la commission d'étude, déclara en conclusion de son discours :
« Héritiers de la conception unitaire du monde, qui s'imposa universellement jusqu'à l'aube du xviie siècle, certains théologiens contemporains de Galilée n'ont pas su interpréter la signification profonde, non littérale, des Écritures, lorsqu'elles décrivent la structure physique de l'univers créé, ce qui les conduisit à transposer indûment une question d'observation factuelle dans le domaine de la foi.
C'est dans cette conjoncture historico-culturelle, bien éloignée de notre temps, que les juges de Galilée, incapables de dissocier la foi d'une cosmologie millénaire, crurent, bien à tort, que l'adoption de la révolution copernicienne, par ailleurs