Puisque Copernic ne publia ses théories jusque avant sa mort il n’eut pas des grands problemes avec l’Eglises masi ce ne fut pas le cas avec ses continuateurs, dont Galilée.

En 1616 le Saint Office à Rome déclara que affirmer que le soleil est au centre du monde et qu'il n'est affecté d'aucun mouvement propre et que la Terre n’est pas immobile mais tourne sur elle même était hérétique, contraire a la foi et meritait la censure. Les livres exposant la théorie copernicienne furent interdits. En février 1616, le cardinal Bellarmin, sur décision du pape Paul V, intima l'ordre à Galilée que cette doctrine ne pouvait ni être adoptée ni être défendue. De toute façon, Galilée va travailler un projet ambitieux dans lequel il montre une négation complète du système géocentrique.
Cet ouvrage est publié en 1632 sous le titre: Dialogue sur les deux grands systèmes. Dans ce livre trois personnages discourent des cosmologies coperniciennes et aristotéliciennes. Le défenseur de Copernic prend les traits d'un esprit cultivé alors que le disciple d'Aristote qui représente la voix du clergé en est pauvrement doté.

Le ton général de l'ouvrage aussi bien que son contenu ont profondément irrité le pape Urbain VIII, un ancien ami de Galilée. La convocation à Rome du savant en 1633 fut le début d'un processus qui conduisit à son procès. Après plusieurs interrogatoires devant le Saint Office, Galilée fut dans l'obligation d'abjurer le 22 juin 1633 dans une déclaration humiliante lors de l'énoncé de la sentence. Le Dialogue sur les deux grands systèmes fut interdit et son auteur condamné à l'incarcération. Toutefois cette peine fut commuée en une assignation à résidence d'abord dans la ville de Sienne puis dans sa villa d'Arcetri, près de Florence où il termina ses jours, aveugle, en 1642.

Ce n'est qu'en 1822 que le Saint Office décide de ne plus interdire la diffusion de livres soutenant le système héliocentrique. Cela ne signifie pas que l'Eglise se soit rangée aux côtés de