UniProt

éléments fonctionnels avec notamment ses domaines ; une identification des paralogues et des orthologues ; une datation l’apparition de ces paralogues. Pour cela plusieurs outils ont été utilisés :        II. la banque de donnée UNIPROT pour récupérés les séquences utilisées ; les banques de données PROSITE et PFAM pour l’identification de domaines potentiels ; l’outil blastp du NCBI pour la recherche d’homologues ; CLUSTAL W pour l’alignement multiple ; le navigateur taxonomie

historique de l'EMBL-Bank entrées -L' Archive ENA Version séquence est un référentiel de toutes les entrées qui ont jamais paru dans la base de données de séquence EMBL-Bank . 2-Séquences protéiques : * UniProt - bases de données protéiques, y compris UniProtKB / Swiss-Prot - La mission de UniProt est de fournir à la communauté scientifique une approche globale, la qualité des ressources et librement accessible de séquence de la protéine et de l'information fonctionnelle. ILS OFFRENT : UniProtKB

liens vers les autres banques de données. TrEMBL, la grande soeur de Swiss-Prot contient toutes les séquences de protéines qui ne sont pas encore dans Swiss-Prot, parce que pas encore annotées manuellement. Swiss-Prot et TrEMBL réunis s'appellent UniProt et donnent accès à toutes les séquences de protéines connues. HMGD (Human gene mutation database) http://archive.uwcm.ac.uk/uwcm/mg/hgmd0.html Banque de données donnant accès aux mutations connues d'un gène, responsables d'une maladie Newt http://www

les enzymes ont 100% d’activité 6. BsaI a 2 sites de restriction EcoRI a 1 site de restriction PvuII a 3 sites de restriction 7. taille des fragments On obtient 6 fragments. Partie 3 : 8. L’identifiant UniProt est P62593 9. 10. Le nom de la protéine est la Beta-lactamase TEM La séquence mesure 286 acides aminés General annotation (Comments) Function TEM-type are the most prevalent beta-lactamases in enterobacteria; they hydrolyze the beta-lactam

structure très flexible • RMN 2D : étude dans des milieux aqueux, mais taille limitée L1-PACES 2.1.2 Bases de données • Mise en commun de structures expérimentales au niveau mondial pour les chercheurs • Bases de données de séquences – UniProt (5.000.000 séquences) : http://www.uniprot.org • Bases de données de structures – Protein Data Bank (70.303 structures 03/01/2011) • http://www.rcsb.org/pdb/ L1-PACES 2.1.3 Modélisation par homologie On ne dispose pas de la structure

protéines paralogues sont des protéines homologues qui ont divergées après un duplication de gène. Pour savoir si deux protéines sont homologues il faut les soumettre à un alignement de séquence. Quand on compare notre protéine à la base de données UNIPROT, qui est la somme des deux bases de données ci-dessus, on obtient plusieurs fois les mêmes protéines avec des scores légèrement différents à cause de TrEMBL. Cependant, il semble que notre protéine ait 4 homologues humains dont le tryptophane-5-hydroxylase

................................................................................................ 20 3.1.5. SwissProt (protéique) ...................................................................................................... 22 3.1.6. Uniprot (protéique)......................................................................................................... 25 3.1.7. Les systèmes d'interrogation des banques.............................................................................

– La comparaison de séquence pourra être mise en œuvre par l’utilisation du logiciel Anagène (doc. 3). Les séquences n’étant pas forcément disponibles au format Anagène, il est possible de les créer à partir des données de la base de données UNIPROT (uniprot. org). Voir par exemple le protocole sur le site pedagogie.ac-nantes. fr « fabriquer un fichier de séquences pour Anagène avec Mega 4.1 ». Les fichiers Anagène des protéines ici présentées sont fournis sur le site compagnon du manuel. – La notion