Le 1er mai 1941, au lieu dit « le Struthof », les nazis ouvrent un camp de concentration, le KL*-Natzweiler.

Le camp central, seul camp de concentration sur le territoire français, est situé en ce qui était alors l'Alsace annexée. Sa nébuleuse de camps annexes, répartie des 2 côtés du Rhin, est composée d'un réseau de près de 70 camps, plus ou moins grands. Sur les quelque 52 000 déportés du KL-Na, environ 35 000 ne passeront jamais par le camp central.

Lieu de travail au profit de l’industrie de guerre nazie, le camp abrite aussi les expérimentations médicales des professeurs nazis de l'Université du Reich de Strasbourg.

Le 25 novembre 1944, les Alliés découvrent le site évacué par les nazis depuis septembre. Pour certains déportés des camps annexes, le calvaire se prolonge au cours du printemps 1945 par les marches de la mort.

De 1941 à 1945, le KL-Natzweiler est l’un des camps les plus meurtriers du système nazi. Près de 22 000 déportés y sont morts.

* Remarque : KL : abréviation de konzentrationslager. La quasi-totalité des documents d'archives concernant les camps de concentration nazis portent la mention "KL" et non "KZ", comme il est plus courant de le lire dans l'historiographie moderne.Le premier musée au Struthof
Dès 1960, la Commission exécutive du Struthof souhaite créer un musée dans la seule baraque-dortoir subsistante. Le 27 juin 1965, une première exposition y est inaugurée par Jean Sainteny, ministre des Anciens combattants le jour de la cérémonie annuelle. Elle présente de nombreux objets originaux. Ses collections sont alors le fruit d’une collecte d’objets et de dons spontanés d’anciens déportés.

L’incendie de 1976 et la reconstruction du musée
En 1976, le musée est ravagé par un incendie criminel, détruisant plus de 95 % des collections. Quelques rares objets sont sortis des décombres et placés dans le nouveau baraquement reconstruit à l'identique. Après de nouveaux actes de vandalisme en 1979, une exposition est réalisée