Les OGM sont principalement utilisés dans les domaines de la santé, de la production agricole, et de l'industrie.

Pour ce qu’il est du domaine médical, les OGM permettent la production de substances médicales difficiles à obtenir autrement : insuline, hormone de croissance pour l’homme et des espèces animales, vaccins anti-hépatite B.
Génétiquement modifiées, des plantes de tabac, de maïs, ou de pomme de terre peuvent produire des molécules thérapeutiques ou des vaccins. Le grand avantage de la production de ces molécules est l'absence de risques de contamination par des virus pathogènes pour l'homme.
Ce qui représente une avancée significative sur le plan médical

L'agroalimentaire :

Les OGM, permettent la résistance à des insectes, des maladies, des herbicides et surtout à des climats extrêmes.
Mais ils permettent aussi d’améliorer la qualité des aliments, concernant leur gout, la conservation et la couleur même des aliments.

Il existe des versions génétiquement modifiées des principales plantes cultivées (maïs, riz, coton, colza, betterave, pomme de terre, soja, œillets, chicorée, tabac, lin). Les surfaces cultivées de ces OGM végétaux sont très variables : anecdotiques en Europe, en forte croissance en Amérique du Nord et dans les pays émergents. En particulier, ces plantes ont été obtenus :
- tomate à mûrissement ralenti ;
- riz doré synthétisant du β-carotène, contribuant à la lutte contre la malnutrition;
- plantes tolérantes à un herbicide : maïs, soja, coton, canola, betterave sucrière, lin;
- plantes sécrétant une toxine insecticide, permettant un moindre épandage d'insecticide par les agriculteurs : par exemple, le maïs Bt.
Des aliments hautement transformés (huiles, farines, etc.) issus de matières premières génétiquement modifiées sont également commercialisables

L’industrie :

Les OGM permettent la production de matières premières à destination de l’industrie : des peupliers OGM ayant un taux de lignine moindre ont été obtenus,