1

La phospholipase A2 intervient dans l’étape initiale de la rupture des liaisons esters des phopholipases et cette rupture joue un rôle dans l’inflammation.

2

On a deux types de PLA2, de vipère (sPLA2) et de bœuf (BPsPLA2),les différences de base sont que la première est un dimère avec du tryptophane 31 et l’autre un monomère sans tryptophane. Les composants qui vont inhiber PLA2 peuvent être des agents antiinflammatoires potentiels. Pour se faire on va simuler une dynamique moléculaire de différents systèmes et analyser la trajectoire de chacun d’eux.

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Pour l’étude de la BPsPLA2 ils vont utiliser un triple mutant. Ce triple mutant va ressembler à la PLA2 de vipère Analyse des 5 trajectoires → comportement structural des 2 groupes de Spla2 Faible fluctuation de l’Ecinétique et de l’Etotale Bonne corrélation entre Epotentielle et température pour chaque trajectoire.
Precise ke AB, AIB, AI sont pour PLA2 de vipère et 1OG41 et 1OE2 sont ceux de PLA2 de boeuf

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-RMSF Définition: différence de fluctuation dans la position des atomes Plus grande fluctuation de la forme complexe Pour sPLA2 Mouvement de la boucle de surface(2e pic) arrété en présence de l’inhibiteur Pour BPsPLA2 la liaison de l’inhibiteur arrête la fluctuation de la boucle de surface(2er pic) et de la boucle de fixation de calcium(1er pic). -RMSD Définition :différence géométrique entre 2 conformations différentes Les résultats du RMSD sont en accord avec ceux du RMSF Pour BPsPLA2 les deux boucles ont plus d’écart rms sous forme native que complexée. Pour sPLA2 l’écart rms est moins élevé pour la forme native que pour la forme complexée

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L’hydrophobie est essentiel dans la fonction de sPLA2(activation de l’interface). Différents paramètres: (Nombre de contacts hydrophobes, Aire de surface accessible de solvant(SASA), Rayon de giration (Rg)) Liaison de l’inhibiteur => augmentation des contacts hydrophobes et réduction de la surface accessible au solvant chez les