Hydro système continental
Relative à des enjeux qui sont à fois scientifiques, économiques et de société, l'analyse de la situation est complexe. En effet, au-delà des capacités de contrôle des flux de pollutions -toutes origines confondues- se posent les problèmes de l'accumulation des polluants dans les "réservoirs naturels", à diverses échelles d'espace et aux conséquences quasi inconnues car n'apparaissant que graduellement dans le temps.
Représentation d'un hydrosystème continental

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NB : Cette illustration fait apparaître (flèches) les zones de "contacts" entre cours d'eau et nappe, entre aquifère saturé et sol aéré. Milieux de transition entre compartiments de l'hydrosystème, ces "interfaces" à fort gradient hydraulique jouent un rôle clé dans la protection et la gestion des ressources en eau, menacées par les impacts négatifs des activités humaines.
Dans un tel système écologique (incluant l'homme) il est essentiel de prendre en compte la totalité de l'eau répartie dans les divers compartiments, ou "réservoirs", naturellement reliés par le cycle hydrologique : l'eau atmosphérique, les eaux de surface, l'eau du sol et les eaux souterraines.
La dégradation de l'un de ces "compartiments" de l'hydrosystème aura inévitablement des répercussions sur les autres compartiments.

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En traçant un parallèle entre l'organisation du milieu aquatique ainsi abordé et son exploitation planifiée, on constate qu'il existe souvent encore une discordance entre l'unité physique du système, d'une part, et la pratique administrative de sa gestion, d'autre part.
Il apparaît aussi que la solidarité amont-aval est une absolue nécessité dans la gestion de l'eau à l'échelle de l'hydrosystème global. L'unicité de la ressource doit s'affirmer à tous les niveaux.
Enfin, pour pouvoir évaluer la progression d'une pollution, il ne suffira pas de connaître le seul "transport" par l'eau, mais il faudra prendre en compte les diverses interactions