Ce logiciel permet d'observer, à travers l'exemple de la lactase, les conséquences des variations de température, pH, concentration en substrat ou en enzyme sur la formation du produit lors d'une réaction enzymatique. L'agitation thermique des molécules, la charge des protéines en fonction du pH, et la dénaturation de ces dernières sont modélisées. En changeant un paramètre on peut établir l'optimum pour le fonctionnement de cette enzyme.
- pH : Chaque enzyme a un pH optimum d'activité. En deçà et au-delà de cette valeur de pH, la vitesse de la réaction diminue. (ici pH 8)
- Température : Chaque enzyme a une température optimale d’activité. Avec une température inférieure L'agitation thermique des molécules diminue, la réaction est donc plus lente. Avec une température supérieure l’enzyme va finir par se dénaturer et ne fonctionnera plus. La réaction ne se fera donc pas. (ici température optimale de 20 °, l’enzyme se dénature a 80°)
- Spécificité du substrat : L’enzyme transforme les molécules du substrat lactose en galactose et en glucose (grâce aux molécules d’eau). Cette enzyme est spécifique au substrat et son action est unique puisque qu’avec de l’eau elle ne forme rien.
- Concentration en enzyme : Plus elle augmente, plus la vitesse de la réaction augmente car plus les molécules d’enzymes s’agitent.
- Concentration en substrat : Plus elle augmente, plus les molécules de substrat s’agitent et donc plus la réaction est rapide mais quand les concentrations enzyme-substrat sont aussi concentrées, la vitesse est maximale. Au-delà la concentration en enzyme est limitante.

Rasmol :
RASMOL est un logiciel de visualisation tridimensionnelle de molécules. Observation du complexe enzyme-substrat :
Enzyme seule :
- début de la chaîne bleu ALA 1
- Fin de la chaîne rouge ASN 307
Structure spatiale : La chaîne forme des liaisons secondaires, elle se replie sur elle-même. La forme est arrondie, on note la présence d’une cavité.
Creux : Site actif,