La rafle a été préparée de longue date. Depuis la Conférence de Wannsee, en janvier 1942, Eichmann organise les convois de déportation dans toute l'Europe. Il sollicite les représentants nazis dans les territoires occupés pour exécuter des rafles et organiser des convois vers Auschwitz. En France, c'est le SS Obersturmführer Danneker, le chef du service juif du SD en France occupée de fin 1940 à juillet 1942, qui est chargé d'organiser la rafle. Il est sous les ordres du général Oberg, chef des SS et de la police allemande en France. Eichmann est venu les voir à Paris et déclare : « Le rythme prévu jusqu'ici de trois transports hebdomadaires contenant chacun 1000 Juifs devra être intensifié rapidement, en vue de libérer totalement et le plus vite possible la France de ses Juifs. » (Compte-rendu rédigé par Eichmann, à l'issue de sa visite de 48 heures à Paris, 1er juillet 1942).Pour cela, il négocie avec la police française qui accepte de collaborer et d'organiser seule la rafle !
Les policiers Jean Leguay (délégué de la Police de Vichy en zone occupée) et René Bousquet (secrétaire général de la Police française) négocient avec Dannecker. Ils mettront la police françAinsi, le 10 juillet 1942, Dannecker télexe à Eichmann que la rafle sera conduite par la police française du 16 au 18 juillet et que l'on peut s'attendre à ce qu'il reste environ 4 000 enfants après les arrestations.