La Première Guerre mondiale est aussi le premier conflit à entraîner une entreprise d’extermination et de déportation planifiées par un État de tout un peuple constituant une minorité, sous prétexte de sédition : le génocide arménien est déclenché le 24 avril 1915 par le gouvernement jeune-turc de l’Empire ottoman pour qui, officiellement, il ne s'agit que d'un transfert de la population arménienne loin du front. C'est principalement entre avril 1915 et juillet 1916 qu'entre 800 000 et 1 500 000 d’Arméniens sont massacrés, soit une grande majorité de la population arménienne ottomane. Dans le même temps, 275 000 chrétiens Assyriens98 sont massacrés dans l'est de l'Empire ottoman, selon la même optique d'épuration ethnique. L'Empire ottoman perpètre un autre génocide pendant et après la Première Guerre mondiale, celui des Grecs pontiques. De 1916 à 1923, le massacre fait près de 360 000 victimes99. La reconnaissance du génocide arménien pose encore problème au xxie siècle, bien qu'il soit reconnu comme tel par un certain nombre de pays. Le génocide des Grecs pontiques rencontre lui aussi une reconnaissance très limitée, tout comme le massacre des Assyriens. Articles détaillés : Atrocités allemandes et Massacre de Tamines.
Pendant le conflit, des massacres surviennent également dans certains pays, en particulier en Belgique où l'armée allemande commet des atrocités envers la population civile. Le mythe du franc-tireur de la guerre de 1870 fait vite son apparition100 et en représailles, les troupes allemandes vont se livrer à la déportation ainsi qu'à l'exécution d'un grand nombre de civils aussi bien en Belgique que dans le nord de la France. L'occupation de ces régions est très dure pour les populations qui doivent fournir dans un premier temps les vivres nécessaires aux troupes d'occupation101. De nombreux civils sont réquisitionnés pour des travaux forcés et beaucoup d'entre eux sont également faits prisonniers puis déportés en Allemagne comme par exemple 1