Les finalités ont varié au fil du temps : « Au Moyen Âge comme dans l'Antiquité, en Chine comme dans l'Islam classique, l'encyclopédie moralise, instruit, éduque, intègre socialement ; après le XVIIe siècle, elle ne veut plus qu'informer ». Souvent inféodées à des impératifs religieux ou étatiques, les encyclopédies n'ont réussi que tardivement à s'astreindre à « un exposé critique et impartial des faits et des idées », même si des biais idéologiques ou culturels parviennent encore à s'imposer de façon plus ou moins consciente.

La question de l'organisation interne a soulevé des passions et est liée à la conception que l'auteur se fait du savoir et de la façon dont son ouvrage devrait être utilisé. L'organisation dominante a d'abord été purement thématique, en fonction des disciplines. Le classement alphabétique, qui apparaît dans un dictionnaire au Xe siècle, ne s'imposera définitivement dans une encyclopédie qu'au XVIIIe siècle. Organisation thématique et classement alphabétique peuvent être utilisés de façon croisée en intégrant un ou plusieurs volumes d'index à un ouvrage thématique.

Les encyclopédies se sont multipliées pour suivre le rythme d'accroissement des connaissances. La révolution numérique a facilité la mise à jour, la consultation et la dissémination des encyclopédies, mais s'est révélée fatale pour la plupart des encyclopédies classiques, alors que Wikipédia devenait la plus grande encyclopédie en ligne. Au XXIe siècle, en raison de l'accélération des découvertes scientifiques et technologiques, une encyclopédie est plus que jamais un projet ouvert, en évolution permanente.

En principe, une encyclopédie est différente d'un dictionnaire car ce dernier, ayant pour objet le sens et l'emploi des mots d'une langue, est donc intraduisible en tant que tel, alors que l'encyclopédie traite des choses ou réalités du monde et de la culture. Cette distinction n'est toutefois pas rigide, car un dictionnaire doit nécessairement aussi « traiter des