Originaire d'une famille de magistrats, il fut d'abord placé chez les Jésuites de Dijon, qui lui dispensèrent une éducation classique (apprentissage du grec et du latin). Il vint à 15 ans achever ses études à Paris, au collège de Navarre, où il eut pour maître Nicolas Cornet : il y étudia en profondeur la philosophie et la théologie. Pourtant destiné au sacerdoce, il fréquenta pour quelque temps les mondains : Corneille ne lui déplaisait pas, il s'adonnait à l'écriture de vers précieux et ne dénigrait pas l'Hôtel de Rambouillet. Ordonné sous-diacre à Langres en 1648, il rompit avec le siècle et rédigea une Méditation sur la Brièveté de la Vie, qui porte les traces de ses futurs ouvrages. La même année, il exposa le principal de ses idées sur le rôle de la Providence, dans sa Méditation sur la félicité des saints. Il est considéré comme un des plus grands orateurs que la France ait jamais connus. En 1652, reçu docteur en théologie, il est ordonné prêtre : il devient l'archidiacre de Sarrebourg dans le même temps, puis, en 1654, celui de Metz.

Il devient précepteur du dauphin Louis de France, le fils du roi Louis XIV et de Marie-Thérèse en septembre 1670 mais l'éloquence du prélat est peu faite pour un enfant de 10 ans et le dauphin avouera [réf. souhaitée] plus tard que ses différents précepteurs l'ont dégoûté à jamais de tout effort intellectuel. Il terminera cette mission en mars 1680, date du mariage de son élève avec Marie Anne Christine de Bavière.
En 1681, Jacques Bénigne écrit son Discours sur l'histoire universelle dans lequel, après avoir présenté un résumé rapide des évènements, il en cherche la raison dans les desseins de Dieu sur son Église. Il y mêle Providence et référence à des sources (aussi bien la Bible et les docteurs de l’Église que les auteurs gréco-latins, comme Hérodote). « On fut étonné, dit Voltaire, de cette force majestueuse avec laquelle il a décrit les mœurs, le gouvernement, l'accroissement et la chute des grands empires, et de ces