Bien que l'anime de la Tōei reste assez proche de la trame originale de l'histoire, il y a cependant quelques différences avec la version manga.
Certaines scènes ont été censurées pour pouvoir passer à la télévision, mais cela reste rare. On notera, par exemple, la façon dont perd sa jambe. Dans l'anime, il l'arrache à l'aide d'une chaîne, alors qu'il est sous l'eau, afin de se libérer des débris d'un bateau en train de couler. Tandis que dans le manga, il mange sa jambe afin de survivre.
Des différences d'un autre genre apparaissent également : les fillers (ou hors-série), c'est-à-dire des épisodes créés par la Tōei qu'on ne retrouve pas dans le manga.
Certains servent à allonger une scène de l'histoire, en faisant prendre un détour à nos héros par exemple. C'est ainsi qu'on retrouve des épisodes où nos héros vont aider une petite fille et son dragon à retrouver l'île aux dragons avant de se rendre sur la route de tout les péril. En général, l'intérêt de ces épisodes est mineur, puisque le scénario est souvent limité par le fait qu'il ne doit pas s'écarter de l'histoire originale. Malgré toutes les précautions prises, il arrive parfois que des erreurs se glissent. Par exemple, on peut voir Zorro couper des chaînes d'acier dans l'épisode 59, alors qu'il est censé réaliser cet exploit pendant la bataille contre Mr 1, soit 60 épisodes plus tard.
D'autres, plus intéressants, retranscrivent en images les mini-aventures à suivre présentes en page de garde de certains chapitres (les mini-aventures de Baggy rétréci). Dans cette lignée, les plus intéressants sont les arcs "Retour sur l'équipage", qui extrapolent sur le destin de chaque membre de l'équipage après leur séparation forcée sur l'archipel