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Contrairement a l’opinion generale, les OGM sont egalement presents dans les pays du Sud, meme si leur culture n’a pas la meme importance que dans les pays du Nord.
En effet, le 20 juin 2006,lors d’un séminaire qui s’est tenu à Ouagadougou, huit pays africains producteurs de coton (Bénin, Burkina Faso, Mali, Tchad, Cameroun, Côte d'Ivoire, Ghana et Togo) se sont engagés à créer un Centre régional de biotechnologie, convenant "qu'en plus des engrais, il y a lieu d'intégrer la question des semences et le passage aux OGM ”.
Parmi ces 8 pays africains, seul le Burkina Faso avait lancé en 2003 des cultures expérimentales de coton transgénique avec le groupe Monsanto. Très présent en Afrique du Sud, le leader de l’agro-business a déjà implanté des filières de coton génétiquement modifié, dans ce pays qui cultive également du soja et du maïs transgéniques. En l’absence de cadre réglementaire sur la question, les ONG burkinabées avaient en 2004 demandé un moratoire de cinq ans avant l’introduction des OGM, mais le ministre de l’Agriculture Salif Diallo a finalement estimé qu’« il est urgent d’aboutir à des décisions rapides et courageuses pour éviter de tomber dans le paradoxe des débats interminables ». En clair : la filière du coton se porte mal alors que des centaines de milliers de familles en dépendent pour leur survie, et la création de filières OGM permettrait de faire face à la concurrence internationale…Un argument qui ne convainc ni les ONG, ni la FAO (Organisation des Nations-Unies pour l’alimentation et l’agriculture). Son directeur, Jacques Diouf, estime que les OGM en Afrique « ne sont pas une priorité » pour atteindre les objectifs du Millénaire sur le développement. Par ailleurs, la FAO a soulevé dans son rapport 2004 sur l'alimentation et l'agriculture, plusieurs questions cruciales quant à l’introduction des OGM en Afrique. « Quelles priorités de recherche biotech pourraient aller directement au bénéfice des pauvres?