Les réactions des autorités civiles ou ecclésiastiques et des populations expliquent cette géographie du catharisme et sa persistance dans le Midi. Selon Michel Roquebert, cette tolérance religieuse est peut être due à une longue cohabitation avec d'autres confessions : arianisme de la période wisigothe, proximité de l’Espagne islamique, présence de nombreux juifs. Pour ce qui est de l'Italie du Nord, l'implantation du catharisme, très différent de celui qui se développa en France, profite du conflit entre le pape et l'empereur. C'est dans ces régions que les Bons Hommes se sont organisés en communautés d'hommes ou de femmes dirigées par des anciens, des diacres et des évêques. Ces communautés étaient constituées de plusieurs « maisons ». On y aurait souvent pratiqué des métiers liés à l’artisanat local, et fréquemment le tissage, en référence aux premières communautés chrétiennes. Plusieurs communautés constituaient une Église, ou diocèse cathare, à la tête duquel se trouvaient des évêques. Cependant des recherches récentes 9 ont démontré que cette hérésie a été largement instrumentalisée notamment par Raymond V comte de Toulouse. C'est ce qu'on peut voir dans sa lettre écrite en 1177 au chapitre général de Cîteaux. En effet, c'est avant tout pour se protéger des Anglais qu'il fait condamner en 1165 des bons hommes à Lombers.

L'importance de l'hérésie cathare a souvent été exagérée par les premiers écrivains et historiens du catharisme, puis par les mouvements régionalistes les évoquant. Les études actuelles rappellent que le phénomène cathare reste un phénomène minoritaire qui ne concerne alors qu'entre 2 et 5% de la population du midi languedocien10. Il y a un débat historique pour déterminer si les Giovannali ont une parenté avec les cathares ou non. Certains chercheurs estiment que les Giovannali sont une branche de la dissidence franciscaine sans lien avec le catharisme. Quoi qu'il en soit, ils semblent avoir représenté une menace politique pour le pouvoir