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Annotation d'un gène procaryote

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Annotation d'un gène procaryote
Vous allez rechercher les gènes présents sur les milles premiers nucléotides d'un contig du génome de Methanococcus maripaludis. Voici la séquence :
>M.maripaludis
CAGGGTTTAGGATATATTTCTAAAAAGAAAGCAAAACAGAAATTAAAAGAAGTAATTCAA
GAAGTTATTTAATTTTTAAGTTTTTTTATTTTTTATTTGTTAAGTAATTAAATTAATTCA
ACGAAGTTTTCAATCATTTTTAAACCGTTTTTACCACTTTTTTCAGGATGGAACTGGGTA
GCATAAACGTTTTTTTTATTCAAAATGCACGGGAATTCGTAACCGTAATTAGTAGTTCCT
GAAATTACGTCTTTTTCTGAAGGATTCACGTGGTATGAATGTACAAAGTAGAAATATTCA
TTATTTGCTATTCCTTCAAAAAGGGGAATATCCTGAACCTGATTTACAGTATTCCAACCC
ATATGGGGGATTTTTTCAGAATGTTTGAATTTTATAACGTCCCCTTTTATCACGCCAAGA
CCTGGAGTTTCTGGACATTCTTCACTTTTTTCAAGTAACAACTGCATACCTAAACAAATT
CCTAAAAATGGAACCTTTTGAACGCATTTATTAATTATTTCATTTAAAGAGCAGTCTCCT
GTTTTTTGGGAAATATTTTTCATTGAATCTCCAAAATTTCCAACACCCGGGAGGACTAGC
TTGTCAGCACTTAAAATAGTTTCAGGGTCACTTGTAACAACGATGTTTTTTGTGTATAAT
TCAAGTGCCTTTTCGATACTCCTCAAGTTGCCTGCATTATAATCAATTATTGCAATCACG
ATTATCCCGTTTAATATAATTCTTCTTCAAGTTCTTTTAATGTTTTAGATATTTTATCAA
ATGCTATGTATGCATCTTCGATTACTTTTAATCCGGTAATTACAACTTTTCCACTACCAA
ATATTAATACAACAACTTTAGGTTCACTCAATCTGTAAACTAATCCAGGGAACTGTTCTG
GTTCGTATTCTGTACATTCTAATGTGGATATGTCATCTAAGTTAGGTTCCATTCCAAGTT
CGGTTGTAGCAACCATATTTTGTACTTTTACTTCAGGATT

Etude des phases ouvertes de lecture
Pour commencer, nous allons étudier les phases ouvertes de lecture à l'aide du logiciel Orf Finder.
Choisissez le code génétique n°11 'Bacterial code'.
Quelles sont les phases ouvertes de lecture prédites (position, taille, phase) ?
Lorsque vous cliquez sur une ORF, vous avez la possibilité de lancer un BlastP. Faites-le pour chaque
ORF et répondez aux questions suivantes :
Est-ce que la protéine codée par l'ORF ressemble à des protéines connues (présentes dans les banques) ?
Si oui, est-ce que les alignements donnés par Blast contiennent les protéines de la banque en entier ?
Est-ce que vous pouvez en déduire précisemment les positions de début et de fin des CDS présentes sur la séquence étudiée ?

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